Parmi les 316 propositions de la commission Attali, figuraient la réforme des ports autonomes (Décision fondamentale 6) et la décision (n°106) de se doter de trois ports de taille européenne : Le Havre, Marseille et Nantes. Traduction de ces propositions, la loi du 4 juillet 2008 recentre l'activité des ports autonomes, rebaptisés grands ports maritimes (GPM), sur leurs missions principales : assurer l'accès maritime, la sécurité et la sûreté ; aménager le domaine portuaire et gérer les dessertes fluviales et terrestres ; élaborer la politique tarifaire. Les décrets d’application pris le 9 octobre 2008 fixent l'ensemble des dispositions réglementaires relatives à ces grands ports maritimes et transforment 6 ports autonomes métropolitains en GPM (Marseille, Le Havre, La Rochelle, Bordeaux, Nantes-Saint-Nazaire, et Dunkerque). Le décret concernant le port de Rouen devrait suivre rapidement. La loi prévoit également qu'un décret ministériel puisse engager la coordination entre ports d'une même façade maritime ou situés sur un même axe fluvial. Les ports du Havre, de Rouen et de Paris (PAP) pourraient donc se rapprocher. La loi redéfinit, en outre, la gouvernance des ports en les dotant d'un conseil de surveillance, aux pouvoirs renforcés par rapport à l'actuel conseil d'administration et dans lequel l'État et les collectivités territoriales pourront peser davantage. La loi institue en effet un conseil de surveillance et un directoire qui se substituent à l'unique conseil d'administration afin de dissocier les missions de contrôle et de gestion. Le décret n°2008-1032 en précise la composition et le fonctionnement. La représentation des collectivités y est accrue. Le conseil de surveillance comprend désormais outre cinq personnalités qualifiées, cinq représentants de l'État et trois des salariés de l'établissement, quatre des collectivités (un membre du conseil régional de la région dans laquelle se trouve le siège du port, un membre du conseil général du département et deux représentants des communes et groupements de collectivités territoriales dont une partie du territoire est située dans la circonscription). Le décret n°2008-1031 fixe quant à lui la durée des mandats du président du conseil de surveillance et des membres du directoire des GPM à cinq ans renouvelable.
Le décret n° 2008-1032 fixe en outre la composition et le fonctionnement du conseil de développement chargé d'émettre un avis sur le projet stratégique et la politique tarifaire des GPM. Celui-ci, composé de 20 membres au moins et 40 au plus, comprend quatre collèges permettant d'associer l'ensemble des parties prenantes, qu'il s'agisse des représentants de la place portuaire, de ceux des personnels des entreprises exerçant leurs activités sur le port, des collectivités. Le décret fixe également les modalités de consultation des collectivités ou de leurs groupements pour la délimitation des circonscriptions des GPM. Le texte précise aussi les modalités d'élaboration et de révision des projets stratégiques qui pourront faire l'objet de contrats d'investissements avec les collectivités et détaille leur contenu. La section du projet stratégique consacrée à la politique d'aménagement et de développement durable du port et identifiant la vocation des différents espaces portuaires doit en particulier traiter des relations du port avec les collectivités sur le territoire desquelles il s'étend. Sur ce plan, il faut rappeler l’importance des embranchements ferroviaires dans la problématique de l’interface port/hinterland. A cet égard, le décret n°2007-1867 du 26 décembre 2007, relatif aux voies ferrées portuaires et modifiant le code des ports maritimes avait déjà confié aux autorités portuaires la gestion de la circulation ferroviaire sur les voies ferrées portuaires et en faisait des opérateurs de proximité avant la lettre. Le décret n° 2008-1032 précise enfin le fonctionnement, les règles de sécurité ainsi que le régime domanial et financier des GPM.
Rappelons que cette réforme portuaire sera accompagnée d’un effort sans précédent de l’État pour l’entretien des ports, avec 36 M€ supplémentaires en trois ans, conformément aux objectifs Grenelle 3 du MEEDDAT dans le cadre de la programmation budgétaire 2009-2011.